某施工单位（乙方）与某建设单位（甲方）签订了某房屋建筑工程的地基处理与基础工程施工合同。由于工程量无法准确确定，根据施工合同专用条款的约定，按照施工图预算方式计价，乙方必须严格按照施工图及施工合同规定的内容及技术要求施工。乙方施工的分项工程首先经监理工程师质量验收合格后，方可进行工程量的计量和工程款的支付。
工程施工过程中，发生下列事件：
事件一：当施工单位进行到施工图规定的处理范围边缘时，乙方在取得监理工程师同意情况下，为保证土方夯实质量，将夯击范围适当扩大。施工完毕后，乙方将扩大范围内的施工工程量向工程师提出计量和付款要求。
事件二：在工程施工过程中，乙方根据监理工程师指示就部分工程进行了变更施工。
事件三：在土方开挖过程中，遇到下列两项重要事件使工期发生拖延：一是开挖遇到地质勘探未曾探明的孤石，排除孤石拖延了一定时间；二是施工过程中遇到数天季节性大雨后又转为特大暴雨而引起山洪暴发，造成施工现场道路、管网以及已经施工的部分基础冲坏，乙方施工设备损坏，数名施工人员受伤，过后乙方用了一定时间进行工程清理和修复作业。
问题

乙方变更施工部分合同款项应根据什么原则确定？