2010年1月，甲省烟草专卖局对所辖A市烟草公司2009年度“两烟”生产经营开展重点检查，收集到以下信息：
1、检查组实地走访B县王庄，发现有3户零售户的烟草专卖零售许可证于2008年12月31日到期未延续，A市烟草公司仍在正常供货。
2、A市烟草公司2009年共销售“中华（全包）”卷烟120万支，其下属的六家自营零售店销售“中华（全包）”卷烟78万支。
3、A市烟草专卖局于2009年9月查获一起无证运输卷烟案件，查扣卷烟8万支，案值2．7万元。A市烟草专卖局按规定委托A市烟草公司对该批卷烟予以收购。A市烟草公司未将其纳入卷烟销售系统入网销售，将该批卷烟销售给个别卷烟零售户。
4、A市烟草公司为了加强烟叶收购工作，2009年7月设立了B县王庄烟叶收购站和C县张村烟叶收购站，12月向甲省烟草专卖局报告审批。
5、甲省烟草专卖局2009年下达A市烟叶种植收购计划21.2万担，A市烟草公司将计划分解到三个产烟叶县，其中B县8.5万担、C县6.7万担、D县6.3万担，各县按照分解计划与烟农签定了种植收购合同。

在此案例中，A市烟草公司“两烟”生产经营中存在哪些问题，应如何定性？